Aydıncık’ın tarihi adı, çeşitli medeniyetlere beşiklik etmiş olan Kelenderis’tir. Mitolojiye göre de Kelenderis, denizcilik ve ticarette çok ilerlemiş Fenikelilerden Sandakos tarafından üç bin yıl önce bir liman ve ticaret şehri olarak kurulmuştur. Kente daha sonra Hititler, Asurlular, Sisamlılar, Selefkoslar, Mısırlılar, Romalılar, Emeviler, Bizanslılar, Ermeniler, Karamanoğulları ve Osmanlılar hâkim olmuştur.
Romalılar yöreye hâkim olunca, kent imar görmüş; şato, saray, suyolları, tiyatro ve hamam yapılmış. Limanı'ndan önemli ölçüde yararlanılan Kelenderis Roma'nın vazgeçilmez bir ticaret şehri olmuştur.
Kelenderis ilk parlak dönemini MÖ 5. ve 4. yüzyıllarda yaşamış. Kendi parası MÖ V. yüzyılda görülmeye başlamış ve Büyük İskender'in Anadolu'ya gelişine kadar sürmüştür. MÖ 425-400 yıllarına tarihlenen gümüş bir Kelenderis sikkesinin ön yüzünde şaha kalmış bir atın üstünde yan oturmuş bir süvari; arka yüzünde ise başını sağa çevirmiş ve diz çökmüş vaziyette bir keçi bulunmaktadır.
Yöre 10.yüzyılın sonlarında Ermenilerin eline geçmiş. 1228 yılındaysa Karamanoğlu Alâeddin Bey'in komutanlarından Ertokuş Bey Kelenderis Kalesi'ni Ermenilerden temizleyerek buraya doğudan gelen Türkleri yerleştirmiştir.
1461 yılında Silifke ve Mut ile birlikte Gülnar da Fatih Sultan Mehmet döneminde, Gedik Ahmet Paşa tarafından Osmanlı yönetimine katılmıştır.
1867 Vilayet Nizamnamesi'nin getirdiği yeni yönetsel bölümlenme uyarınca, İçel Sancağı'nın kazalarından biri olan Gülnar’ın ilçe Kilindria’dır.
Kelenderis’ten gelen Kilindria da zaman içerisinde değişimlere uğrayarak Gilindire’ye dönüşür.
Vital Cuinet’nin 1891 yılında Paris’te Ernest Leroux tarafından basılan La Turquie d’Asie adlı eserinde Gilindire hakkında şu bilgileri vermektedir:
“Bu küçük kasabanın nüfusu sadece 210’dur ve halkın hemen hemen hepsi Kıbrıs ya da Alanya’dan göçüp gelen Rumlardır.”
Tanin Gazetesi yazarlarından Ahmet Şerif ise 1910 yılında Gilindire ile ilgili olarak şunları yazar: “Halk İslam ve Rum'dur. Rumlar daha kalabalıktır. İki taraf birbirleriyle pek güzel geçiniyorlar, diyebilirim ki, burası bir birlik örneğidir.”
O yıllarda Türklerin çoğu hâlâ göçerdir, hayvancılıkla uğraşmaktadır ayrıca tabiatın sunduğu keçiboynuzu, meşe palamudu gibi orman ürünlerini toplayıp satmaktadır. Rumlarsa, liman çevresinde oturmakta olup uluslararası bağlantıları vardır, ekonomik yönden daha güçlüdür, ev ve tarla sahibidir, ticaret ve sanat yaşamını elinde tutmaktadır. Yapı ustası, demirci, kalaycı, fırıncı, ayakkabıcı, fes kalıpçısı, boyacı, berber, meyhaneci hepsi onlardandır.
Savaş korkusu ve sahilin tehlikeli olmaya başlaması üzerine, 1915 sonlarında kaza merkezini emin yerlere taşımak üzere memurlar yola çıkar, değişik yerler denedikten sonra 27 Mayıs 1916 tarihinde Anaypazarı’nı Gülnar ilçesinin merkezi yaparlar. Gilindire’nin ileri gelen tüccarları da ilçe merkezine göçer.
1920’li yılların sonlarında Rumlar Gilindire’den ayrılınca, nüfus da azalır. Kasabadaki ekonomik işleyiş değişime uğrar. Ticaret ve sanatla uğraşmak Türklere düşer. Bunun sonucu kentin ekonomik yapısı değişir. Dış ticaret hemen hemen durma noktasına gelir. On beş ya da yirmi günde bir uğrayan gemiler açıkta demirler, yörenin ihtiyacı olan tekel maddesi, diri tuz ve gazyağı getirir; meşe palamudu, kuru üzüm, keçiboynuzu, yağ, arpa, buğday, üzüm, fıstık ve yolcu alıp giderler. Yelkenli tekneler ise yılda bir ya da iki kez gelip canlı küçükbaş hayvanları İstanbul’a götürür.
Rumlardan kalan ev ve tarlalar Maliye aracılığı ile satılır. Dışarıdan gelenler veya parası olanlar 1930’dan itibaren taksitle satın alırlar. Hazine, taksitini yatıramayanlardan satılan taşınmazı geri alarak ikinci bir ihaleyle başka kişilere satar.
1963-1964 yılları arasında eski ve dar olan karayolu genişletilirken, deniz kenarındaki çok sayıda eski bina yıkımdan nasibini alır. Açılan bu yol, deniz kıyısındaki binaların bir kısmına mezar olmuş bir kısmını da Akdeniz'in mavi sularına iteleyivermiştir. Binaların yerine kalın bir duvar yapılır. Mersin-Antalya yolu hizmete açılınca da mal nakliyatı kamyonlarla yapılmaya başlar. Limanın olmayışı, yüklemenin zorluğu ve maliyet artışı sonucu deniz ticareti de yapılamaz olur. Sulak arazinin olmaması halkı, hayvancılık yapmaya ya da arpa, buğday, mercimek ekmeye zorlamaktadır. Halkın yazları yaylaya gitmesiyle de nahiye terk edilmiş bir hayalet kent haline gelir.
Bu durum 1960’lı yılların sonuna kadar devam eder. 1964 yılında, Soğuksu’dan Gilindire’ye bir kanal yapılır ve yıllardır boşu boşuna denize akıp giden Soğuksu Deresi’nden 40-50 metre yükseklikteki bu kanala su pompalanmaya başlanır böylece Gilindire’nin çorak arazilerinde güller açar artık.
1965 yılında da Gilindire’ye tarihi geçmişiyle hiçbir ilgisi olmayan Aydıncık adı verilir. Halk, Gilindire adını kullanmaya devam ettiyse de resmen kullanılmayan bu ad, tapu kayıtları, nüfus cüzdanları, diplomalar, kitaplar ve anılarda yerini alır.
Aydıncık’ta 1972’de İskele Belediyesi kurulur. İlçe merkezi elektriğe Mart 1980’de kavuşur. Aynı yılın başlarında bir de balıkçı barınağı inşa edilir. Aydıncık artık kentleşme sürecine girer. Mayıs 1984 tarihinde de evlerde içme suyu akmaya başlar.
Gülnar ilçesine bağlı bir bucak olan Aydıncık, 3392 sayılı kanuna göre 19.6.1987 tarihinde ilçe olur. Ayrıca bu kanunla İskele Belediyesi’nin adı da Aydıncık Belediyesi’ne dönüştürülür.